Der Deutschen UNESCO-Kommission gehören bis zu 114 Mitglieder an, darunter Beauftragte der Bundesregierung und der Kultus- und Wissenschaftsministerien der Länder sowie von der Mitgliederversammlung gewählte Vertreterinnen und Vertreter von Institutionen und ad personam gewählte Expertinnen und Experten. Die Mitglieder treten einmal jährlich zur Mitgliederversammlung zusammen. Die Mitgliederversammlung wählt das Präsidium und einen Vorstand. Präsidentin der Deutschen UNESCO-Kommission ist seit Juni 2018 Prof. Dr. Maria Böhmer. Das Sekretariat hat seinen Sitz in Bonn. Die Deutsche UNESCO-Kommission wird von verschiedenen Ausschüssen beraten.