Die Zusammenarbeit der europäischen Nationalkommissionen hat eine lange Tradition und reicht bis in die 1950er Jahre zurück. Für viele europäische Staaten ist die Arbeit der Europäischen Union in zentralen Mandatsfeldern der UNESCO von großer Bedeutung. Aus diesem Grund wurde 2015 das Informelle Netzwerks der europäischen UNESCO-Nationalkommissionen gegründet, dem nicht alle Nationalkommissionen angehören, die geographisch zu Europa zählen, sondern nur diejenigen, deren Staaten einen engen Bezug zur Europäischen Union haben. Dadurch konnte die europäische Zusammenarbeit der Nationalkommissionen deutlich intensiviert werden. Die knapp 40 Mitglieder des Netzwerks treffen sich seitdem jährlich an wechselnden Orten, um sich über gemeinsame Initiativen und gute Praxisbeispiele auszutauschen.
Darüber hinaus arbeitet die Deutsche UNESCO-Kommission seit jeher mit ihren europäischen Schwesterkommissionen zu verschiedenen Themen mit ganz konkreten Ergebnissen zusammen. Beispiele sind gemeinsame Publikationen und Veranstaltungen wie die 2023 erschienene die Broschüre Die UNESCO-Empfehlung zur Ethik der Künstlichen Intelligenz: Wegweiser für die Gestaltung unserer Zukunft, die gemeinsam mit der Niederländischen und der Slowenischen Nationalkommission erarbeitet wurde. Die gestaltete englischsprachige Publikation wurde anschließend allen anderen Nationalkommissionen als offene Datei und unter Creative-Commons-Lizenzen zur Verfügung gestellt. So konnten inzwischen gut zehn weitere Nationalkommissionen die Publikation mit minimalem Aufwand und geringen Kosten in ihre eigene Landessprache übertragen und veröffentlichen. Ein weiteres Beispiel ist das Recreation-Projekt, das seit 2022 gemeinsam mit der ukrainischen Nationalkommission durchgeführt wird. Es ermöglicht ukrainischen Jugendlichen merhwöchige Erholungsaufenthalte an deutschen UNESCO-Projektschulen.
Besonders eng ist die Zusammenarbeit der Deutschen UNESCO-Kommission mit den Nationalkommissionen der Staaten, in denen Deutsch ebenfalls Amtssprache ist, also mit den Kommissionen Luxemburgs, Österreichs und der Schweiz. Regelmäßig finden Abstimmungsgespräche statt, mehrmals im Jahr werden gemeinsame Veranstaltungen durchgeführt und offizielle UNESCO-Dokumente gemeinsam ins Deutsche übersetzt.