Eines der wichtigsten Instrumente des Wasserprogramms der UNESCO ist es, mit vielen führenden Forschungs- und Ausbildungsinstituten weltweit enge Partnerschaften einzugehen. Am bedeutendsten in jeder Hinsicht ist das UNESCO-Wasserausbildungsinstitut UNESCO-IHE im niederländischen Delft. Das UNESCO-IHE ist organisatorisch Teil der UNESCO, obwohl es vollständig von den Niederlanden finanziert wird. (Mehr zum UNESCO-IHE)

Dazu gibt es über 20 Wasser-Institute unter der Schirmherrschaft der UNESCO, was eine institutionell schwächere Anbindung an die UNESCO bedeutet (Kategorie II Institute). Im Oktober 2009 hat die UNESCO-Generalkonferenz dem Vorschlag Deutschlands zugestimmt, ein solches Institut in Koblenz an der Bundesanstalt für Gewässerkunde einzurichten. (Vollständige Liste aller Wasser-Institute).

Das neue Institut in Koblenz kooperiert eng mit dem deutschen IHP/HWRP-Nationalkomitee. Der Vertrag zwischen der UNESCO und Deutschland wird 2010 unterzeichnet. Das Institut wird über die Auswirkungen des globalen Wandels auf Verfügbarkeit und Qualität von Wasser forschen. Globaler Wandel, das heißt Wachstum der Weltbevölkerung, Klimawandel, Verstädterung, Wüstenbildung und die steigenden Bedürfnisse der Landwirtschaft. Damit diese Auswirkungen besser verstanden werden, wird das Wasser-Institut Experten aus aller Welt aus- und fortbilden. Ziele des Koblenzer Instituts werden sein, Wasser-Datenbanken aus Deutschland international besser zugänglich zu machen und eng mit Entwicklungsländern zusammen zu arbeiten, besonders mit Afrika.