Die Zusammenarbeit mit Afrika ist ein Schwerpunkt der Arbeit der DUK und der Nationalkomitees für die UNESCO-Wissenschaftsprogramme. Der Rahmen ist das Kooperationsprojekt von DUK mit afrikanischen UNESCO-Kommissionen.

• Im September 2009 organisierte die DUK einen Workshop über die Zusammenarbeit Deutschlands mit UNESCO und Afrika auf dem Feld der Wissenschaftspolitik.
• Das Biosphärerenreservat Rhön arbeitet eng zusammen mit dem südafrikanischen Biosphärenreservat "Kruger to Canyons". Die DUK unterstützt diese Kooperation seit 2010 durch Projektmittel von Merck.
• Neue Impulse für neue Biosphärenreservate in Afrika gaben mehrere Workshops der DUK 2008 und 2009, darunter ein mehrtägiger Workshop zu grenzüberschreitenden Biosphärenreservaten in Westafrika in Bamako, Mali. Verschiedene Projekte für neue Biosphärenreservate sind seitdem in Vorbereitung.
• Zum Thema Wissenschaft arbeitet die DUK besonders eng zusammen mit den UNESCO-Kommissionen Namibias und Lesothos. Im Dezember 2009 fand ein einwöchiger Erfahrungsaustausch mit diesen Ländern statt.
• Das IHP-Nationalkomitee arbeitet eng mit Ähtiopien zusammen, Kooperationen mit anderen afrikansichen Ländern sind in Vorbereitung.
• Die Website www.claiminghumanrights.org erläutert internationale Mechanismen des Menschenrechtsschutzes, ideal abgestimmt auf die Bedürfnisse der Opfer von Menschenrechtsverletzungen in Afrika.