Vor Amtsantritt war Jānis Kārkliņš Ständiger Vertreter Lettlands bei der UNESCO. Zuvor war er Botschafter Lettlands in Frankreich, Andorra und Monaco und Ständiger Vertreter Lettlands bei den Vereinten Nationen in Genf.

Kārkliņš hatte verschiedene Ämter bei der Weltorganisation für geistiges Eigentum (WIPO) und der UN-Kommission für Wissenschaft und Technologie im Dienste der Entwicklung (CSTD) inne. Unter anderem war er Vizepräsident des Vorbereitungskomitees des Genfer Weltgipfels Informationsgesellschaft (WSIS) und später Präsident des Vorbereitungskomitees des zweiten Weltgipfels Informationsgesellschaft in Tunis. Darüber hinaus vertrat Kārkliņš Lettland im Regierungsbeirat der Internet Corporation for Assigned Names and Numbers (ICANN), dessen Vorsitz er von 2007 bis Juni 2010 innehatte.

Kārkliņš hat ein Ingenieursdiplom der Technischen Universität Riga, Lettland, und absolvierte ein Bildungsprogramm für osteuropäische Diplomaten am Hoover Institute an der Stanford-Universität in den USA.